想象一下，在很短的时间内以比以往更高的精度分析数千个蛋白质样本。随着质谱（MS）蛋白质组学样品制备的自动化，这个梦想成为现实！
什么是蛋白质组学？
蛋白质组学是指对生物系统中蛋白质的大规模研究。它是蛋白质的结构、功能、数量和分子相互作用的系统鉴定和表征。利用蛋白质组学技术，许多复杂的生物材料，如组织、乳头吸出液、脑脊液、尿液、血液和唾液，已经被表征。然后通过与肽数据库匹配来跟踪所识别的蛋白质。
目前，蛋白质组研究最流行的平台是质谱（MS）。这是一种分析化学方法，它评估气相离子的丰度和质荷比，以确定样品中存在的分子的数量和类型。由于高分辨率质谱仪的发展，现在可以在一次实验中识别出数百至数千种潜在的候选蛋白质。
高通量质谱对管理目前在各种临床、法医和毒理学应用中观察到的测试样品的巨大增长至关重要。质谱分析程序中的主要瓶颈是手动样品制备，这可以通过自动化来减少。样品制备至关重要，因为它可以通过多种方式提高基质对分析的适用性。从合适的基质获得的加速分析物可以去除实验中的任何阻碍性误差）。蛋白质组学样品制备涉及一些步骤，包括蛋白质提取和蛋白质分离。
蛋白质提取
蛋白质组学样品制备的第一步是从生物样品中提取蛋白质。这可以使用各种方法来完成，例如超声、均质化或裂解。所选择的技术将取决于样本类型和期望的结果。例如，如果样本是组织，则可以使用均匀化将其分解成更小的碎片。如果样品是细胞培养物，裂解可能会使细胞破裂并释放蛋白质。
蛋白质分离
蛋白质组学样品制备的下一步是分离蛋白质。这可以通过各种方法实现，如凝胶电泳、色谱法和质谱法。所选择的技术将取决于样本类型和期望的结果。最有效的分析方法之一是质谱法，它特别有效，因为它可以识别非常小浓度（小于100皮克）的物质。通过测量分子离子的质荷比（m/z），质谱仪可以确定分子的重量。离子是通过迫使中性物种失去或获得电荷而产生的。离子在产生后被静电驱动进入质量分析仪，在那里它们根据m/z被分割，然后被检测。为了识别原始样品的成分，MS实验的结果通常与数据库测定中的标准进行比较，量化已知化合物，并确定分子的结构和化学财产，这是一种高水平的分析。
使用质谱法自动化蛋白质组学分析的样品制备过程可以涉及液体处理机器人来执行诸如蛋白质提取、消化和分馏等任务。这可以显著提高样品制备过程的效率和一致性，并降低人为错误的风险。此外，自动化可以增加可以处理的样品的吞吐量，从而允许进行更大规模和更复杂的蛋白质组学研究。
可以自动化的一些步骤包括：
1.从生物样品中提取蛋白质
2.蛋白质消化成肽
3.肽的纯化
