代谢组是指在一个特定生物系统中发现的完整的一套小分子化学物质，从一个细胞器到一个完整的有机体。没有任何一种单一的分析技术和样品处理程序可以分析一个代谢组系统中所有的小分子。METLIN是世界最大的串联质谱数据存储库。这些代谢物和小分子组成了广泛的生物系统。在人体中发现了代谢物、药品和食物成分也在其中，包括核磁共振和质谱、结构信息、生物液体浓度、疾病关联等信息，这项工作可以在人体代谢组数据库中查询，并更新。
经常分析的代谢物包括：
初级代谢产物：如：蛋白质、脂类、碳水化合物和维生素
次生代谢产物：如人类的次生代谢物荷尔蒙。植物次生代谢产物主要用于防御或者信号传递,同时被人类发现可以作为各种各样的药物、调味剂、颜料和消遣性毒品。
外源性代谢物：包括药物、环境污染物、毒素和食品添加剂。外源性代谢物经人类代谢的产物被称为异种代谢产物(例如，药物代谢的副产物)
等等
仪器推荐
代谢物的分析方法包括分离和检测，很多文章会被讨论到。目前，从复杂的生物样品中提取、纯化和浓缩代谢物仍是一项劳动密集型和耗时的任务。代谢组学自动化正在简化样品处理流程，更高通量的代谢组学技术也提供了一系列的解决方案。如自动化固相萃取系统。
基于质谱的代谢组学可以提供生物样品（如体液、细胞以及新鲜和固定组织）中代谢产物的定量和定性信息。由于代谢组学研究在学术界、工业界和政府实验室的扩展，近年来对这些实验室的样本数量和通量需求显著增加。Aurora开发了VERSA 1100 SPE自动代谢物提取系统，以简化蛋白质沉淀和固相萃取（SPE），用于代谢组学研究中的质谱样品制备。
应用流程
固相萃取法（SPE）是制备质谱分析样品最常用的方法之一。常见工作流程是将样品通过一个带有吸收剂（通常是硅或碳基）的柱管向下运行数次，这些柱管的大小为1毫升、3毫升或6毫升。这种过柱的方法较为适合大体积的样品，但在处理小体积样品（约1毫升）时，因洗脱过程中样品损耗使得洗脱至收集瓶中的样品不足，从而出现样品回收率问题。代谢组学或多肽的研究通常采用高通量方法来检测各类样本，因此样品体积很小，使用一般的过样柱，不仅回收率低，同时效率也低；因为装载的过滤柱会占用操作平台空间，且同时运行数量有限。
代谢物的分析方法包括分离和检测，很多文章会被讨论到。目前，从复杂的生物样品中提取、纯化和浓缩代谢物仍是一项劳动密集型和耗时的任务。代谢组学自动化正在简化样品处理流程，更高通量的代谢组学技术也提供了一系列的解决方案。如自动化固相萃取系统。
