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对比手动,自动化NGS下一代文库准备的优势验证

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对比手动,自动化NGS下一代文库准备的优势验证

在法医实践中,测序的文库制备工作已被确定为更广泛采用的一个重要瓶颈。下一代测序(NGS)文库制备通常是一个多步骤过程,需要昂贵的试剂和大量的动手操作。为了确保结果的高度准确性和重现性,标准化的样品制备方法和质量控制措施至关重要。自动化解决方案可以执行具有高重现性的复杂应用,从而降低错误率,同时降低与污染、人类交互、试剂和样品相关的风险。总体而言,通过减少与流程相关的实际操作时间和人力,还可以降低每个样本的成本。

为了实现NGS流程的自动化,DNA Labs International与Verogen和Aurora合作,验证了VERSA 1100 NGS下一代测序建库移液工作站上的ForenSeq试剂盒(图1)。对ForenSeqTM Kinintelligence试剂盒、ForenSeqTMmtDNA全基因组试剂盒和ForenSeq TM Signature Prep试剂盒(DNA引物混合物B或DPMB)进行了验证。本应用说明比较了使用手动和自动流程生成的文库,并在MiSeq FGx测序系统上进行了排序。

使用Aurora的VERSA 1100处理两个文库副本,同时手动处理两个文库副本。Aurora VERSA 1100上处理的所有样本产生的读取量与手动处理的样本相似。在手动和自动设置中,每个样本的总样本读数与25 pg至1000 pg的DNA输入进行了对比。有关详细的调用率结果,请阅读完整的验证。所有样本均符合GEDmatch PROTM的上传标准。此外,还进行了敏感性研究,以评估系统在一系列DNA量上的性能,以告知概况结果预期并确定解释限制。手动和自动系统对动态范围的样本输入(8pg至4000pg)产生了可比较的结果。

使用自动化工作流程证明了灵敏度、可靠性、可重复性、一致性、以减少污染风险操作的能力、再现性和准确性。这些内部验证研究支持Aurora的VERSA 1100与Verogen产品一起用于法医样本测序。验证表明Aurora的VERSA 1100能够根据法医标准高效地自动化NGS工作流。有关完整结果和详细信息,请阅读验证报告

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